بیمارستان کسری شامل هفت طبقه، یک طبقه منفی و شش طبقه فوقانی بوده که
طبقه منفی یک شامل: آزمایشگاه- پاتولوژی- فیزیوتراپی- مدارک پزشکی- انبار ملزومات- لنژری می باشد.
طبقه همکف شامل: مدیریت- اورژانس- کلینیک های تخصصی- رادیولوژی و سونوگرافی- MRI و CT Scan– داروخانه- بخش بستری ICU – اطلاعات- پذیرش بستری- صندوق و ترخیص- تاسیسات- امور قراردادها- امور بیمه
طبقه اول شامل: بخش جراحی زنان- بخش زایمان- زایشگاه- نوزادان- بخش جراحی مردان- دفتر مدیریت پرستاری–دفتر بهبود کیفیت- دفتر بهداشت محیط و بهداشت حرفه ای- IT- تجهیزات پزشکی
طبقه دوم شامل: اتاق های عمل- بخش CSSD- بخش CCU و Post CCU- دفتر سوپروایزر
طبقه سوم شامل: دفتر هیئت مدیره- دفتر مدیرعامل- مدیریت مالی- واحد مالی- دبیرخانه- منابع انسانی
طبقه چهارم: بخش 4، اتاق های تمام خصوصی
طبقه پنجم: بخش 5، اتاق های تمام خصوصی
طبقه ششم: آشپزخانه- انبار تغذیه- دفتر مسئول تغذیه- دفتر تدارکات و نقلیه- رستوران